Родился в 1891 году в городе Пярну Эстляндской губернии Российской империи. Российский и латвийский военный летчик, ас-истребитель времен Первой мировой войны.
Летать научился в 1912 году, окончив частную авиационную школу в Германии. В 1913 году также занимался в Императорской Московской летной школе Аэронавтического общества.
В 1914 году приехал в Германию на соревнования летчиков, но с началом Первой мировой войны был интернирован. Вскоре бежал в Англию, затем вступил добровольцем во французскую рядовым. После ранения при Бельфоре получил звание сержанта – так французское командование оценило разведывательные полеты Томсона.
Вскоре Эдуард Мартынович добился права вернуться в Россию. В апреле 1915 года был зачислен рядовым в Русскую имперскую армию и направлен в Военную авиационную школу. После её окончания направлен в 1-й корпусный авиаотряд. В 1916 году ему было присвоено звание военного лётчика.
3 марта 1917 года в 1-ом корпусном авиаотряде произошло замечательное событие – лётчики Томсон на самолете «Ньюпор-11» и прапорщик Розенфельд на истребителе того же типа, сбили германский самолет, который упал в расположение русских войск около фольварка Залесье. Немецкий самолет был замечен по разрывам снарядов зенитной артиллерии над станцией Залесье. Первым его атаковал прапорщик Томсон, после чего немец повернул на север и стал уходить в сторону фронта. Над деревней Сукневичи навстречу ему летел прапорщик Розенфельд. Вражеский самолет оказался между двумя истребителями и был атакован прапорщиком Розенфельдом сверху слева, а прапорщиком Томсоном - снизу справа. После первых же выстрелов немецкая машина, видимо, получила сильное повреждение и стала круто снижаться на свою территорию, но затем свалилась в штопор и упала к юго-востоку от фольварка Залесье. За этот воздушный бой прапорщики Томсон и Розенфельд были награждены орденами Святого Георгия 4-й степени.
С апреля 1917 года воевал в 1-м авиационном отряде истребителей.
На фронтах Первой мировой войны сбил 5 германских самолётов (а некоторые публикации утверждают даже об 11 его победах).
В июне 1919 года в Риге Томсон вступил в Латвийскую армию. Служил заместителем командира Авиационной группы. С июля 1919 — начальник авиационного отдела при Техническом управлении Латвийской армии. Участвовал в Освободительной войне в Латвии. С сентября 1919 года — командир Авиационного парка Латвийской армии. В 1919 году латвийским правительством ему было присвоено воинское звание старшего лейтенанта. В мае 1920 году уволен из армии «по состоянию здоровья». В сентябре 1920 года эмигрировал в США. Скончался там же в 1970-х годах.
- Белявина, В.Н. Беларусь в годы Первой мировой войны: война в небе / В.Н.Белявина. – Минск: Беларусь, 2013. – С. 133.
- Ваенная авіяцыя ў баях пад Смаргонню: [прапаршчык Томсан на караблі “Ньюпор-11” збіў германскі самалёт] // Памяць: гістарычна-дакументальная хроніка Смаргонскага раёна / галоўны рэдактар Г.П.Пашкоў. – Мінск: Беларуская Энцыклапедыя, 2004. – С.117-118.
- Томсон Эдуард Мортынович [Электронный ресурс] // Нашей родины красные соколы. – Режим доступа: http://www.airaces.ru/asy-rossijjskojj-imperii/tomson-ehduard-martynovich.html. - Дата доступа: 12.02.2019. – Заглавие с экрана.
- Коптюг, Н. О чем говорят документы: [в районе Сморгони прапорщик Томсон выдержал бой с двумя немецкими аппаратами] / Николай Коптюг // Новая газета Сморгони. – 2003. - № 62-63. – 4 сентября. – С. 11.
- Лигута, В. «Тот войны не видал, кто у Сморгони не бывал»: война до победного конца / Владимир Лигута. – Гродно: ЮрСаПринт, 2018. – С. 106-107.
